Откуда мы знаем, что это началось в Ухане

Я пересматривал доказательства раннее распространение вируса в 2019 году и первые подтвержденные случаи, и я пришел к тому, что я думаю, является наиболее вероятным ходом событий для того, как появился вирус.

Короче говоря, похоже, что ко второй половине ноября 2019 года вирус распространился по всему миру. Трудно было понять, почему, если той зимой он был в странах по всему миру, взрывоопасный вспышки начались только в феврале и марте 2020 года.

Если снова внимательно рассмотреть сообщения о появлении вируса, то окажется, что это связано с тем, что путь вируса от первого появления осенью 2019 г. до взрывных вспышек в начале 2020 г. происходил медленнее и более поэтапно, чем мы могли бы ожидать от простое понимание вирусов. Это не потому, что вирус не присутствовал в странах до того, как вызвал там взрывные вспышки — это упрощенное предположение, которому противоречат данные, — а потому, что вирус не всегда вызывает взрывные вспышки, когда он присутствует.

Новый SARS-подобный вирус, по-видимому, впервые начал заражать людей примерно в конце октября 2019 года. Весьма вероятно, что это произошло в Ухане. Можно предположить, что если вирус распространялся по всему миру в ноябре 2019 года, то он мог начаться где угодно, и тот факт, что он был впервые обнаружен в Ухане, ничего не говорит о том, где он начался.

Тем не менее, похоже, что декабрьская вспышка в Ухане, где она была впервые обнаружена, была самой крупной на тот момент. Кроме того, в следующем месяце Ухань стал первым местом, где произошла взрывная вспышка, которая обложила налогом службы здравоохранения, на несколько недель раньше, чем где-либо еще. Тот факт, что он опережал кривую в этих более крупных вспышках, является убедительным показателем того, что вирус существовал там дольше всего и первоначально возник там.

Молекулярный Часы исследования, которые анализируют генетический состав ранних случаев, чтобы вычислить, когда был их последний общий предок, как правило, относят появление вируса к концу октября или началу ноября, что согласуется с глобальным распространением к концу ноября. 

В Китае просочившийся отчет правительства по ранним случаям в Ухане выявили девять пациентов, госпитализированных в ноябре 2019 года с тем, что позже было подтверждено как COVID-19 (самая ранняя дата появления симптомов была 17 ноября), хотя они никогда не добавлялись к официальному общему количеству. А Исследование также утверждал, что не обнаружил нейтрализующих антител у доноров крови из Ухани в период с сентября по декабрь 2019 года, хотя неясно, насколько это достоверно.

В Бразилии, пробы сточных вод в банках стал положительным по состоянию на 27 ноября 2019 г., что указывает на значительное распространение SARS-CoV-2 среди населения в конце месяца. Интересно, образцы из Италии в отдельном исследовании не давали положительных результатов до 18 декабря. Нигде раньше не было обнаружено положительных результатов сточных вод (за исключением аномального положительного результата для Barcelona в марте 2019 года, который, как многие считают, ложных срабатываний).

В Англии, Исследование Imperial REACT протестировали около 150,000 2021 человек на наличие антител в начале XNUMX года и спросили тех, у кого был положительный результат, когда они вспоминали о наличии симптомов. В результате получился следующий график. 

С конца ноября 2019 года наблюдается заметный рост симптоматических заболеваний до устойчивого уровня, который сохраняется в течение всей зимы. Также хорошо видна взрывная вспышка первой волны в конце февраля 2020 года. Этот график четко иллюстрирует, как вирус может циркулировать в течение нескольких месяцев на низком уровне (в данном случае три месяца), в том числе в течение сезона зимнего гриппа, прежде чем произойдет взрывная вспышка, по-видимому, ни с того ни с сего.

У нас нет надежных данных из Соединенных Штатов о раннем распространении, поскольку в стране постоянно не проводились исследования хранящихся образцов сточных вод или от отдельных лиц, за исключением одного случая. Исследование антител Красного Креста которые обнаружили антитела в середине декабря 2019 года, но не изучили более ранние образцы и не подтвердили их тестированием на вирусную РНК.

Тем не менее, не было недостатка в новостных сообщениях из США, в которых рассказывались истории нескольких человек, которые заболели Covid-подобной болезнью в ноябре 2019 года и позже дали положительный результат на антитела к Covid (когда они не болели в промежутке). .

К этим лицам относятся Майкл Мелхэм из Нью-Джерси, который сообщил о заражении вместе с несколькими другими на конференции около 21 ноября 2019 года; Уф Тукель, который сообщил о заражении во Флориде вместе с 10 другими в конце ноября 2019 года; Стивен Тейлор и его жена заразились в Техасе в ноябре 2019 года; и Джим Раст, зараженный в Небраске в том же месяце. Билл Райс-младший имеет собранные вместе сообщения СМИ об этих ранних подтвержденных антителами случаях в США. Примечательно, что ни один из них не утверждает, что заразился до ноября.

Это свидетельство распространения в конце ноября в Китае, Бразилии, Англии и Америке, я думаю, весьма убедительно; даже если один или два случая окажутся ошибочными, я не думаю, что все они будут ошибочными. Они также согласуются с оценками вышеупомянутых исследований молекулярных часов.

Эти данные свидетельствуют о том, что вирус не распространялся по всему миру намного раньше. Это основано на отрицательных результатах исследований сточных вод, незначительных уровнях в имперском исследовании, отсутствии сообщений о болезни у американцев и отсутствии пациентов в Китае. Исследования, которые, по-видимому, показывают более раннее глобальное распространение, чем это, могут быть связаны с перекрестной реакцией антител или загрязнением ПЦР-тестирования с большим увеличением.

Это позволяет сделать вывод, что к концу ноября 2019 года вирус распространялся по миру на низком уровне, но, вероятно, не намного раньше. Что произошло дальше?

Вспышка на рынке Хуанань, по-видимому, началась примерно 1 декабря — это была самая ранняя дата появления симптомов в первая группа подтвержденных пациентов с Covid, который начал поступать в больницу 16 декабря. Эта вспышка, по-видимому, была значительно больше, чем другие вспышки до того момента. Ко 2 января 41 больной был подтвердил как поступил в больницу с положительным тестом на Covid вместе с пневмонией и характерной КТ грудной клетки; шесть из них позже умерли.

Именно этот кластер госпитализаций привел к обнаружению вируса, как минимум девять образцов от этих пациентов были отправлены клиницистами для геномного анализа в период с 24 по 31 декабря 2019 года. Таким образом, обнаружение вируса во время вспышки на рынке продуктов питания, по-видимому, было прямым следствием серьезности этой вспышки — она вызвала значительно больше госпитализаций, чем другие вспышки до того времени и побудили ряд клиницистов независимо друг от друга отправить образцы для идентификации. Это сделало практически неизбежным его обнаружение во время этой вспышки.

Тем не менее, вспышка была очень небольшой по сравнению с большинством волн, которые мы наблюдали с 2020 года, и даже по сравнению с тем, что произошло в Китае в следующем месяце. Глядя на кривую зарегистрированных смертей от Covid в Китае в 2020 году, видно, что взрывная вспышка в регионе на самом деле началась только в первые дни января (при обратном отсчете около 20 дней).

Это может объяснить, почему изначально неопределенность о том, была ли передача от человека к человеку, в то время как к 14 января становилось все более очевидным, что она была, как они были в середине взрывного всплеска в первый раз. Также, вероятно, признание этой взрывоопасной вспышки побудило китайские власти ввести ограничения в Ухане с 23 января.

Как ни странно, взрывная январская вспышка в провинции Хубэй не повторилась в других частях Китая, которые на тот момент в основном не были затронуты вирусом. Вместо этого следующим местом, где можно было увидеть взрывную вспышку, был Южная Корея, более чем на месяц позже, в феврале, и снова он был странным образом ограничен в основном одним городом, Тэгу. Это было похоже на вспышку в Ухане с таким же количеством смертей.

Далее настала очередь Италия и Иран испытает взрывные вспышки, начавшиеся в середине февраля. Вспышка в Италии по-прежнему была в основном ограничена одной частью страны, хотя ее масштабы были запредельными, а вспышка в Иране была аналогичная величина. Затем последовали Нью-Йорк и северо-восток Соединенных Штатов, а также Англия, Франция и большая часть Западной Европы (но не Восточная Европа или большая часть остальной части США). Все эти вспышки были гораздо ближе в более крупном итальянском масштабе, чем в китайском и южнокорейском масштабе. В других местах продолжался низкий уровень распространения до тех пор, пока в них не произошли первые взрывные волны позже в 2020 году, а в некоторых случаях в 2021 или даже 2022 году.

Что меня поражает в этом, так это то, как размер и масштаб вспышек постепенно увеличивались в период с ноября 2019 года по февраль 2020 года. Распространение в ноябре 2019 года было глобальным, но на низком уровне. В декабре вспышка на мокром рынке в Ухане обострилась, что привело к увеличению числа госпитализаций и, следовательно, к обнаружению вируса. Затем, в январе, в Ухане произошла первая взрывная вспышка Covid и волна смертей. А в феврале начались большие европейские и американские волны, поднявшие шкалу еще на несколько делений, где она в основном и осталась. (Омикрон, когда он появился в конце 2021 года, еще больше увеличил размер вспышек, но значительно снизил уровень смертности.)

Я полагаю, что это дает точную картину того, как появился вирус — через пошаговое движение к все более и более крупным вспышкам от неблагоприятного начала низкого уровня распространения в ноябре. Я предполагаю, что это перемещение является результатом генетических изменений вируса, которые изменяют его способность передаваться в различных популяциях и контекстах — гипотеза, которая согласуется с выводами исследования молекулярных часов.

Таким образом, я думаю, мы можем быть достаточно уверены, что вирус впервые появился в Ухане осенью 2019 года, а не был впервые обнаружен там, поскольку Ухань первым испытал более крупные вспышки как в декабре, так и в январе, что предполагает, что вирус был там. самый длинный.

Перепечатано из ЕжедневноСкептик