Мой неортодоксальный путь

Я расскажу это со вздохом
Где-то веками и веками отсюда:
Две дороги расходились в лесу, и я…
Я взял того, что меньше путешествовал,
И это все изменило.

Роберт Фрост

Я родилась в семье ортодоксальных учёных, словно попала на конвейер традиционных академических перспектив. Моя мама была известным молекулярным биологом и наставником, которая с раннего возраста питала мою научную любознательность, объясняла мне работу клеток за обеденным столом, рассказывала истории о фотосинтезе, катализирующем превращение углекислого газа в сахар и кислород, когда мне было всего 5 лет.

«Что такое углекислый газ?» — спрашивал я.

«Отличный вопрос!» — восклицала моя мама с заразительным энтузиазмом. «Вся вселенная, все, что ты можешь видеть, чувствовать и трогать, состоит из атомов…» Она схватила меня за руку и сказала: «Если ты увеличишь масштаб своей кожи, ты обнаружишь, что она состоит из живых пузырьков, называемых клетками. Если ты увеличишь масштаб клеток, ты увидишь, что они состоят из еще более мелких вещей, называемых молекулами — жиров, белков, сахаров, нуклеиновых кислот, — а если ты увеличишь масштаб молекул, ты увидишь, что они состоят из строительных блоков, называемых атомами. Углекислый газ — это молекула, состоящая из одного атома углерода и двух атомов кислорода. Большая часть воздуха, которым мы дышим, состоит из углекислого газа… когда мы вдыхаем, мы вдыхаем кислород, а когда выдыхаем, мы выдыхаем углекислый газ…» Она продолжала, связывая воздух, который я выдыхаю, с воздухом, который вдыхают растения, с сахарами, которые я съел в своих хлопьях.

Достаточно сказать, что, родившись с такой чистой научной привилегией блестящей мамы, я хорошо учился в школе. Мне нравилось все, что я изучал, я специализировался на двух специальностях — биологии и прикладной математике — и почти получил второстепенные по химии и психологии. Я занимался исследованиями в качестве студента и был принят в престижную программу стипендий для аспирантов Национального научного фонда. Я подавал заявки на множество программ PhD и был принят в Гарвард, Стэнфорд, Принстон и другие. Я получил степень PhD в Принстоне за быстрые 4.5 года обучения под руководством известного руководителя — доктора Саймона Левина — и я продолжил обучение в постдокторантуре в Университете Дьюка.

Я продолжал следовать академическому пути, работая в финансируемой DARPA команде, изучающей распространение вирусов летучих мышей, начиная с 2017 года. Я помог команде, с которой работал, успешно получить грант DARPA PREEMPT, направленный на прогнозирование распространения генипавирусов летучих мышей и предотвращение появления этих опасных вирусов. Я публиковал статьи , разрабатывал новые и инновационные методы на стыке математики и биологии. Я шел по тропинке, ведущей прямо в залы академии, украшенные портретами ученых прошлого, с большими надеждами увидеть свой собственный портрет в конце коридора.

Это было тогда. Православный путь, на который я смотрел в 2019 году, теперь задыхается в тумане, королевские залы и портреты поглощены пламенем, академическая мечта мертва.

Что случилось? Где я ошибся?

В какой момент я выбрал менее популярный путь?

Мои инославные грехи

Как ученый, я не могу не разбить то, что я наблюдал, на ряд конкретных единиц времени и причинности, событий, тайны и причины которых я могу надеяться понять. Если я пойму каждое событие по отдельности, возможно, вся путаница событий приобретет больше смысла.

Пандемия Covid-19 стала началом конца моего ортодоксального образа себя. Ряд событий начал раскрывать, что я нетрадиционен, и в этих событиях я не только понял, что я нетрадиционен, но и понял, что академия недобрая к нетрадиционным. Ниже приведены события интересов, нетрадиционные позиции, которые я занял, и полученное лечение.

Прогнозирование пандемии

В конце января — начале февраля 2020 года я проанализировал темпы роста числа случаев в Ухане, отчеты о случаях, обнаружившие высокие ложноотрицательные показатели ПЦР-тестов, классическое баварское исследование случая передачи с неспецифическими симптомами и многое другое, и я пришел к выводу, что пандемия неизбежна. Мои оценки темпов роста числа случаев были намного быстрее, и мои методы отличались от традиционных методов, поскольку у меня был опыт оценки темпов роста запасов с помощью методов, которые обычно не используются в эпидемиологии. Более высокие темпы роста числа случаев привели к оценкам более высокой распространенности, повышению уверенности в более крупном субклиническом айсберге случаев, отсрочке предполагаемой даты начала вспышки в местах, связанных с Уханем, снижению вероятности того, что скрининг путешественников остановит пандемию, и повышению вероятности пандемии.

Я пытался поделиться своими выводами о времени удвоения в 2-3 дня с учеными из моей команды DARPA PREEMPT, но один профессор из Оксфорда памятно сказал, что у него нет времени на меня, и, проще говоря, он гораздо больше доверяет командам из Гарварда, Имперского колледжа Лондона и Лондонской школы гигиены и тропической медицины, чем «постдокторантам в Монтане». Все крупные учреждения оценивают время удвоения в 6.2 дня, низкие субклинические показатели и высокие шансы на успешное сдерживание, поэтому на основании только их полномочий у него — моего собственного товарища по команде — не было времени на мое инакомыслие. Другие в моей орбите были столь же нерасположены, а один профессор утверждал, что если я поделюсь своими результатами и окажусь неправ, это может быть подхвачено Fox News, спровоцирует самоуспокоенность, и я могу быть напрямую ответственным за миллионы смертей.

В этом случае я решил сохранить свои выводы в тайне. Это предупреждения, которые мир никогда не слышал, неортодоксальная Кассандра сказала, что она не эпидемиолог, и ее заставили оставаться на своей полосе. Вместо того, чтобы информировать людей о надвигающейся пандемии, эти выводы были использованы, чтобы помочь хедж-фонду сыграть на понижение рынка.

Статья о гриппоподобных заболеваниях (ГПЗ)

Поскольку я считал, что распространенность заболевания выше и темпы роста выше, я предположил, что к марту-апрелю 2020 года в крупных мегаполисах США, таких как Нью-Йорк, произойдет всплеск числа пациентов, обращающихся за медицинской помощью. В результате этого математического предвидения Джастин Сильверман, Натаниэль Хуперт и я держали руку на пульсе, отслеживая набор данных CDC по гриппоподобным заболеваниям, сообщающий о доле пациентов, посещающих дозорные учреждения первичной медико-санитарной помощи с гриппоподобными заболеваниями (ГПЗ).

В марте 2020 года мы обнаружили резкий рост числа заболевших. Мы пересчитали этот всплеск доли пациентов с гриппоподобными заболеваниями в приблизительную оценку общего числа: 8 миллионов дополнительных пациентов, что намного больше, чем менее 100 000 случаев, задокументированных на тот момент. Наша статья была опубликована в журнале The Economist , и сразу же подверглась нападкам со стороны коллег-ученых (не случайных троллей), которые обвинили нас в искажении информации о здравоохранении, преуменьшении масштабов COVID-19 (поскольку большее количество случаев означало меньшее количество смертей на один случай) и в провоцировании самоуспокоения. Даже на моем рабочем месте некоторые ученые, которые отговаривали меня от публикации результатов моего исследования, проведенного в феврале 2020 года, пошли дальше и начали нападать на меня в Twitter или даже в наших каналах Slack, находя множество возможностей для критики или препятствования моим попыткам войти в научное сообщество.

Прогнозы на осень 2020 года

Согласно моей теории, которая предсказала пандемию и всплеск заболеваемости в марте 2020 года с двухдневным удвоением времени поступления в отделения интенсивной терапии в Нью-Йорке, было вероятно, что всплеск заболеваемости в Нью-Йорке в марте-апреле 2 года закончился из-за истощения восприимчивой популяции, состояния населения, которое до COVID мы называли «коллективным иммунитетом».

Если бы это было правдой, то мы смогли бы сравнить будущие вспышки с вспышкой в ​​Нью-Йорке и обнаружить, что пик заболеваемости в будущих вспышках приходился на уровень смертности населения, аналогичный показателю в Нью-Йорке. Мы с Джатсином Сильверманом разработали информационную панель, которую использовали для мониторинга вспышек и сравнения с кривой Нью-Йорка, и летом 2020 года мы увидели, как многие неконтролируемые вспышки подтвердили «линию Нью-Йорка». Для понимания приведенных ниже данных требуется некоторое время, но по сути это временные ряды в масштабе бремени заболеваемости , позволяющие нам сравнивать темпы роста вспышек, происходящих в разные даты, при схожих уровнях бремени.

В августе 2020 года я поделился этими результатами с группой прогнозирования CDC, предоставив контекст для будущих вспышек. Если пик вспышек в США составит 1 смерть на 1,000 человек, моя теория, разрабатываемая с февраля 2020 года, даст объяснение: коллективный иммунитет.

Вспышки заболеваний осенью 2020 года по всей территории США повсеместно подтвердили «линию Нью-Йорка» как верхний предельный квантиль интенсивности вспышек (как скорости, так и бремени), особенно те вспышки в штатах или округах, которые мало что сделали для сдерживания распространения COVID-19.

Я создал красивые диаграммы, которые прекрасно иллюстрируют этот вывод. Однако осенью 2020 года была написана Великая Баррингтонская декларация (ВБД), в которой указывалось, что наши модели, возможно, переоценивают тяжесть пандемии (что также подтверждают мои выводы), а политика сдерживания может нанести вред. Хотя ВБД называлась стратегией «коллективного иммунитета», авторы не упомянули коллективный иммунитет, хотя я лично считаю, что пик вспышек осенью 2020 года пришелся на период коллективного иммунитета, о чем свидетельствует их совпадение с линией Нью-Йорка. Ниже представлена ​​предполагаемая фазовая диаграмма вспышек во всех более чем 3,000 округах США, направленная к пикам ниже линии Нью-Йорка задолго до появления вакцин и при гораздо меньших показателях, чем те, которые обычно оцениваются пунктирной линией.

В октябре 2020 года мой научный руководитель потребовал, чтобы я не делился своими выводами. Она беспокоилась, что мои заявления о коллективном иммунитете могут нарушить ее отношения с правительством штата, поскольку правительство штата давало ей 1 миллион долларов на проведение экспериментов по тестированию и отслеживанию на населении кампуса, экспериментов, которые не были нужны согласно моей теории. Согласно моей теории, правительство штата должно выделять ресурсы племенным и сельским общинам, у которых нет неконгрегированного жилья и доступа к медицинской помощи, а не играть с экспериментами, изолируя студентов колледжей.

Из-за этих разногласий я покинул свою должность в Университете штата Монтана, в конечном итоге извлекая урок из короткометражки о COVID: если то, что я вижу и говорю в рамках своей компетенции, противоречит общепринятым нормам, то я лучше поделюсь своими выводами и подвергнусь критике, чем не поделюсь ими и буду наблюдать, как мир страдает от неподготовленного невежества.

Защита Джона Иоаннидиса

Доктор Джон Иоаннидис — известный профессор Стэнфорда. Он писал статьи в начале пандемии Covid-19, утверждая, что мы принимаем решения в условиях неопределенности, что наша политика может нанести вред, а пандемия может оказаться не такой уж плохой, как прогнозируют обычные команды.

Доктор Иоаннидис подвергся критике со стороны ярых академиков в Twitter. Эти академики считали Иоаннидиса минимизатором и критиковали его при каждой возможности.

В какой-то момент доктор Иоаннидис опубликовал статью, в которой обнаружил, что ученые с большим количеством подписчиков в Twitter на самом деле не имеют так много статей или ссылок; другими словами, люди, которые считают себя «экспертами» в Twitter, на самом деле не являются лучшими людьми, к которым можно обратиться за экспертизой. Доктор Иоаннидис опубликовал статью с никами в Twitter, и многие ученые начали крестовый поход, утверждая, что публикация статьи с никами в Twitter неэтична, является нарушением правил IRB и формой преследования, которая может привести к преследованию ученых.

Я не согласился. Я утверждал, что это правило было выдумано — ники Twitter являются общедоступными данными, и нет необходимости в IRB для анализа и публикации данных в открытом доступе. Более того, многие из тех же людей, которые критиковали Джона Иоаннидиса за преследование ученых, широко распространяли и поддерживали группу MIT, публикующую ники, которые они называли «антимасковыми». Я утверждал, что если здесь и есть какая-то этика, то это избирательное изобретение возмущения исследовательской этикой для нападения на Иоаннидиса и сомнительная этика ученых, которые прикрепляют уничижительные ярлыки типа «антимасковые» к группам людей, которых они раскрашивают как антимасковых в своих диаграммах.

Ослабление иммунитета

Если исходить из гипотезы о том, что пик вспышек осенью 2020 года пришелся на пороговые значения коллективного иммунитета, то единственным способом объяснить последующие вспышки является сочетание ослабления иммунитета и уклонения от иммунного ответа.

Я ненадолго соприкоснулся с ортодоксальными взглядами, работая с командой в Лондонской школе гигиены и тропической медицины, которая разбиралась с первым вызывающим опасения вариантом, Альфа. Я работал в хедж-фондах, анализируя SPAC (компании специального назначения, по сути, частные инвестиционные фонды для проведения IPO), и представил остроумный анализ трансмиссивности B.1.1.7, используя игру слов: «IPO» или «первоначальное филогенетическое наблюдение».

Однако, согласно моей теории, мы ожидали бы увидеть, как Альфа вызывает более крупные волны в местах с более ранними вспышками, предположительно, в местах, где были более низкие всплески осенью 2020 года. Это именно то, что мы увидели, и это дало доказательства ослабления иммунитета.

К сожалению, ослабление иммунитета считалось дезинформацией во время этого открытия, поскольку ослабление иммунитета подразумевало, что иммунитет, вызванный вакциной, может ослабевать. Если естественный и вызванный вакциной иммунитет ослабеет, то мы могли бы ожидать всплесков в США, возможно, через 6 месяцев после вспышки осенью 2020 года, а скорость передачи в этих последующих вспышках была бы наиболее отрицательно связана с кумулятивным бременем в этих вспышках и не имела бы отрицательной корреляции с показателями вакцинации. Действительно, к июлю 2021 года мы это и увидели.

Если иммунитет ослабевает, то соотношение затрат и выгод политики обязательной вакцинации меняется. Можно было бы оправдать обязательную вакцинацию, если бы вспышки осенью 2020 года не были порогами естественного коллективного иммунитета, а иммунитет не ослабевает. К сожалению, с моей теоретической точки зрения, вероятно, что вспышки осенью 2020 года достигли пика на порогах естественного коллективного иммунитета, а иммунитет ослабел, что ставит под сомнение целесообразность обязательной вакцинации, которая несет в себе некоторые риски и не собирается предотвращать будущие инфекции.

В конце концов, в августе 2021 года CDC опубликовал результаты вспышки в Провинстауне, которые неоспоримо свидетельствуют о 100%-ном уклонении от иммунного ответа: у вакцинированных пациентов заболеваемость была такой же, как и у невакцинированных.

Эта же теория порогов естественного коллективного иммунитета осенью 2020 года и иммунного уклонения в Дельте привела к теории о том, что будущие вспышки будут иметь характерные временные рамки, поскольку они истощат восприимчивые популяции в относительно несмягченных вспышках, сжигающих популяции, иммунитет которых ослаб. Выше мы видим вспышки омикрон в провинциях Южной Африки, определяющие характерные временные рамки вспышек омикрон в штатах США, что снова подтверждает этот теоретический путь, по которому я шел.

Происхождение Ковида

Вспомните, что до Covid я изучал распространение патогенов от летучих мышей к людям и статистические методы отнесения патогенов к хозяевам или источникам. Закончив с прогнозами вспышек, я вернулся к вопросу распространения патогенов, отнесения этого биологического агента к источнику, откуда он пришел.

Я изучил литературу и обнаружил, что она недостаточна, в ней делаются нехарактерно сильные выводы, основанные на ошибочных данных, ошибочном анализе или необоснованных предположениях. Я написал статью, критикующую одну из работ, Пекара и др., в которой утверждалось, что две большие ветви в основании эволюционного дерева SARS-CoV-2 являются доказательством двух событий распространения вируса. Мы показали, что методы авторов не оправдывают их выводы, и, кроме того, они исключили последовательности, которые опровергают их предположение о двух больших ветвях в основании эволюционного дерева SARS-CoV-2. Это разозлило сторонников зоонозного происхождения и сделало меня мишенью — ознакомьтесь с комментариями к нашей препринту, чтобы получить представление об этом.

Гораздо более нетрадиционной оказалась следующая статья, в написании которой я участвовал вместе с Валентином Бруттелем и Тони ВанДонгеном. Теория лабораторного происхождения основывалась на предположении о наличии сайта расщепления фурином, но для внедрения сайта расщепления фурином в коронавирус необходимо было бы создать ДНК-копию вируса. Мы обнаружили в геноме SARS-CoV-2 доказательства, согласующиеся с преобладающими методами создания ДНК-копий коронавирусов.

Эту информацию также подхватили The Economist , Telegraph и другие издания. Однако в каждом случае эти журналы раздували полемику, созданную приверженцами ортодоксальных взглядов, которые тесно связаны либо с Уханьским институтом вирусологии, предположительно проводившим эту работу, либо с NIAID, американским агентством по финансированию медицинских исследований, которое, как выяснилось в 2019 году, финансировало именно тех исследователей, которые в 2018 году в Ухане предложили вставить сайт расщепления фурином в ДНК-копию коронавируса SARS.

Мое наказание

Хотя недавние исследования подтвердили нашу теорию , подобно тому как данные, полученные вне выборки, подтвердили мою теорию вспышек COVID-19 и порогов коллективного иммунитета, подтверждения, похоже, недостаточно для возвращения в академическую среду. Токсичная атмосфера разногласий, задетое самолюбие известных профессоров, чьи утверждения были опровергнуты самими данными, создали сообщество токсичной, негодующей ортодоксии. Нет никакой надежды на возвращение для такого грешника, как я, потому что после достаточного количества битв и задетых самолюбий в каждом комитете, каждой редакционной коллегии, каждом совете конференции найдется кто-то, кого я оскорбил своей инакомыслием.

Теперь, в противостоянии с ортодоксальными академиками, отчаянно пытающимися защитить свою территорию от подавляющего потока данных и доказательств, меня клеймят алым алфавитом инакомыслия. Антипрививочник , юноша из Браунстоуна , преуменьшающий значение COVID, отрицатель и так далее. В глазах многих я стал изгоем, потому что у меня хватило проницательности сделать открытия и смелости отстаивать свои выводы. Мало что так сильно задевает самолюбие возмущенного старшего коллеги, как отказ младшего уступить; это как если бы меня обвинили в переломах боксёрских кулаков у тех, кто на меня нападал.

Я хотел поделиться этим путешествием для будущих ученых, которые смотрят вперед на свою карьеру, не зная, какой путь выбрать. Развилки дороги, с которыми я столкнулся здесь, будут встречаться и другим. Вы можете найти что-то, что-то уникально видимое для человека с вашим опытом, и вы можете столкнуться со всем, от разочарования и рекомендаций не делиться вашей работой до откровенной враждебности и, если вы все же поделитесь своей работой, отчуждения от людей, которых вы когда-то считали своими коллегами или друзьями.

Вы увидите знаки, указывающие вам на ортодоксальность. Вы посмотрите вниз на жалкие, гнойные, тернистые заросли противоречий на пути гетеродоксии, и вы, по понятным причинам, можете поддаться искушению не носить алую букву H. Если вы хотите сохранить свою карьеру такой, какой вы ее всегда себе представляли, если вы ищете комфорт и коллегиальность, то всеми силами не высовывайтесь, не делайте ничего спорного и никогда не критикуйте людей, занимающих руководящие должности. Ваш портрет может быть поднят в коридорах здания, и вы никогда не узнаете ничего, кроме любви к зданию, которое включило вас, или, по крайней мере, к той версии вас, которая решила не делать ничего спорного.

Мой уход с нисходящего пути ортодоксальности и мой подъем на изнурительные холмы гетеродоксии, действительно, изменили все. В душе я все еще дитя моей матери, любопытное к углекислому газу, очарованное фотосинтезом, благоговеющее перед атомами.

Следуя по пути ереси, я был царапан и избит, пинался и бил меня, избивался и оскорблялся, был вывешен на цифровом позорном столбе и получал оскорбления в лицо. Я бы сделал все это снова, потому что только на этом пути вы узнаете, кто вы есть. Со временем вы найдете других, которые также были достаточно смелы, чтобы отстаивать свои принципы, и один друг-еретик — более сильный союзник, чем 100 коллег-ортодоксов. Здесь, на ветреной, дождливой вершине холма ереси, вы найдете сообщество самых блестящих умов, настоящих друзей, которые ставят принадлежность выше веры, и вы научитесь смеяться, когда вас бьют, становиться сильнее, когда на вас нападают, любить, когда вас ненавидят.

Я бы не рекомендовал изнурительное восхождение гетеродоксии коллеге, а только самым сильным, самым блестящим, самым подлинным и смелым друзьям. Если вы сможете пережить восхождение, то на другой стороне вы обнаружите свои сильные стороны и будете процветать.

Вас могут презирать презренные люди, которые нашли вас полезным, когда вы вылепили свою душу, чтобы она соответствовала их пониманию, но вами также будут восхищаться достойные восхищения неортодоксальные ученые, которые были до вас. Вас будут любить и уважать в разнообразном сообществе подлинных, свободных душ, и даже если мы не согласны, мы сделаем это вежливо и таким образом, чтобы гарантировать, что вы все еще принадлежите нашему сообществу, поскольку немногие понимают губительность нетерпимости лучше, чем те из нас, кто был сослан в этот неортодоксальный город на холме.

Перепечатано с платформы Substack автора.